داشت وبرخلاف پدرش ميرسيد شريف پيرو مذهب شيعي بود ، ميرزا محمد على شريفى ، ملقب به ( ميرزا مخدوم ) كه نوه ميرسيد شريف وپسر همين شمس الدين است سنى ناصبي بوده وكتاب ( نواقص الروافض ) را در رد شيعه ساخت ، وقاضي نور الله شوشتري كتاب ( مصائب النواصب ) ، وأبو علي حائري نيز كتاب ( عذاب النواصب ) را در رد همين ( نواقض الروافض ) نگاشتند . گويند : ميرزا مخدوم همان كسى است كه به اتفاق جمعى از گروه قلندريه بر پيرامون شاه إسماعيل صفوي ثاني ( م 985 ه‍ . ق ) گرد آمدند ، وبا أنواع ترفند ونيرنگ ، أو را از مذهب اثنى عشرى روى گردان ساختند ، وسكه هائى را كه أسامي حضرات أئمة ( عليهم السلام ) بر آنها منقوش بود دگرگون ساختند . چنين آورده اند كه شمس الدين محمد از پدرش سيد شريف - به هنگام مرگ أو - درخواست وصيتي كرد . پدر به أو گفت : ( بابا به حال خود باش ) ، وشمس الدين محمد ، مضمون اين سخن پدر را ضمن اشعاري به نظم درآورد : مرا سيد شريف آن بحر زخار * كه رحمت بر روان پاك أو باد وصيت كرد وگفت ار زانكه خواهى * كه باشد در قيامت جان تو شاد چنان مستغرق أحوال خود باش * كه از حال كسى نايد ترا ياد از آثار شمس الدين محمد جرجاني كتابهاى زير را ياد كرده اند : ( شرح هداية الحكمة للابهرى ) ، ( شرح إرشاد الهادي للتفتازانى ) در نحو ، ( شرح الفوائد الغياثية ) ، ( حاشية الطوالع ) ، ( الغرة ) ، ( الدرة ) در منطق ، ( زبدة الاسرار ) در حكمت ت : سده ء 9 ه‍ . ق . اين كتاب در تجويد نگارش شده وراجع به ادغام صغير وكبير بحث مى كند ، ومحتواى آن در يك مقدمه ودو باب تنظيم شده است : مقدمه - در تعريف وشرائط ادغام . باب أول - در تعداد ادغام كبير مربوط به هر سوره به ترتيب آنهادر قرآن موجود . باب دوم - در ادغام صغير وأنواع آن . آغاز : بسملة ، الحمد لله الذي تفضل علينا بجزيل النعم ، وجعل أهل القرآن أهله وخاصته بالجود والكرم . . انجام : . . والاخفاء حالة بين الاظهار والادغام ، ولابد من الغنة معه . بنگريد به : فهرست مرعشى 2 / 307 . و : ريحانة الأدب 6 / 215 و 217 و 246 . و : روضات الجنات ، ط سنگى 186 و 498 . و : هدية العارفين 2 / 189 . و : دائرة المعارف الاسلامية ، مقاله ء بروكلمان 6 / 334 . و : الاعلام ، زركلي 7 / 180 . و : اعلام الشيعة ، حسين على محفوظ . و : معجم المؤلفين 11 / 55 .